陈寿祺生于清高宗乾隆三十六年（1771），卒于宣宗道光十四年（1834），年六十四岁。家住黄巷 [1] ，与梁章钜毗邻。陈家世代业农，从祖父陈起龙起，弃农读书，父陈鹤书，岁贡生，以经学教授生徒。寿祺5岁发蒙，“不饮，不弈，樗蒲不入座，惟手不释卷”。6岁从名师周立岩，年15补县学生员，师从大儒孟超然。孟以国士待之，并预言：“十年后，福建有通儒起，陈生是也。”年十八，上福康安百韵诗并序，沈博绝丽，时称才子。
乾隆五十四年（1789）得中举人；嘉庆四年（1799年），进京应进士试，最初试卷被分房考官所遏，幸座师阮元向主考大学士朱珪极力推荐，才被录取。进士及第后，选翰林院庶吉士，散馆授编修。在京时，与武进张惠言、高邮王引之以治经学齐名。不久，告假回闽省亲，途经杭州，座师阮元正任浙江巡抚，留他主讲杭州敷文书院，兼教诂经精舍生徒。阮元组织人编纂群经古义为《经郛》数万卷，其义例皆请寿祺拟定。寿祺还自撰《五经异义疏证》，成了当时的经学名著。
嘉庆八年（1803年），还京销假，翌年，任广东乡试副考官。
嘉庆十二年（1807）为河南乡试副考官，曾亲阅二、三场所有落卷。
嘉庆十四年（1809）任会试同考官，京察一等，记名御史。
嘉庆十五年（1810年），父亲病逝，陈寿祺连夜赶回家，为奉养老母，从此决定不再出仕，此时仅40岁。
嘉庆十七年（1812），福建巡抚张师诚入朝，皇帝命将御制《全史诗》带回交学者编定，张师诚请陈寿祺主持，陈寿祺如期完成，编定中颇有独到见解。孝服满后，陈寿祺到泉州主讲清源书院，历10年，以经学教授诸生。当时，清源书院常成为过境官员的旅舍，影响学业，陈寿祺致函督、抚请禁，并要求通饬本省各府、州、县，不得再以书院招待过往官员，此风遂绝。 [2]
道光二年（1822），陈寿祺丁母忧回里，服满，主讲福州鳌峰书院达10年。在此，陈寿祺首重考核学生品行，其次才是考该课文。并订立规章，整肃课程，厉行儒家的传统思想教育，并作《义利辨》、《知耻说》、《科举论》3文，传示诸生。10年中造就不少人才，其中著名者有诗人张际亮、史学家王捷南、理学家梁文等。
陈寿祺还关心家乡的建设和文化事业，如赈济福州贫民，兴修东湖、西湖和莆田木兰陂，都由陈寿祺主持或协助办理。福州贡院修建已及百年，陈寿祺建议闽浙总督孙尔准、巡抚韩克均募款修建，增添号舍，加高围墙，仅6个月完工。
陈寿祺热心宣扬本省的先贤和良吏。道光四年（1824），陈寿祺联合士绅，呈请督、抚将黄道周从祀孔庙，并为之刊行《黄忠端集》66卷。
嘉庆（1796～1820）末年，福建布政使李庚芸居官清正，因对总督汪志伊和巡抚王绍兰的官僚作风不满，遭诬陷迫害，以致自缢身死。陈寿祺深为不平，动员生员林天光等向钦差呈诉，使李庚芸的冤案得以平反，汪志伊、王绍兰被罢官。
陈寿祺关心修志工作，《福建通志》自乾隆三十三年（1768）修成续志以后，已过60多年未曾修纂，地方文献散失甚多，而康熙志和乾隆正、续两志又存在一些错误。陈寿祺建议地方当局，把修缮贡院的余款2万余缗作为修纂新志的费用。当局接受其建议，并请陈寿祺担任总纂。
道光九年（1829），通志馆开局，陈寿祺为通志创立义例，并自撰《形势》、《山川》二门和《儒林》、《文苑》后传。编撰新志3年中，陈寿祺患病日渐沉重，仍抱病修订稿本。
道光十四年（1834），《福建通志》即将完成之时，陈寿祺已耗尽心力，于是年二月二十日病逝福州黄巷家中。
有子陈乔枞。