政治
改革法制
朱允炆改进了明太祖所实行的严厉的法律制度。洪武帝曾经颁行了一整套法典，使之成为全帝国的法律准则。他有时用“诰”的形式来给法典做补充，有时又用“榜文”的形式来发布典型的案例。榜文第一次出现在《大诰》中；这种《大诰》在1385年和1387年之间曾经编纂、修订和扩充。它们出现在1397年版的《大明律》中；《大明律》把这些诰和榜文都收在它的附录中。朱允炆认为他祖父的律令法典的某些部分过于苛严，特别是那些在诰和榜文中所定下的惩罚条款更是如此。据说，他在他祖父生前即已敦促洪武帝从他的法典中取消73条这样的条款。在他即位以后，他禁止以诰文为根据来进行审理和判案，同时停止张贴榜文，这就使他用正式遵守律令的手法，巧妙地掩盖了他事实上对他祖父的指令的否定。这些变革后来被永乐帝一扫而光；他恢复了太祖的所有严厉的诰文和榜文中的法律效力。
实行削藩
朱允炆对诸藩王封地里的行政也进行了一些改革：设置了宾辅和伴读，并让翰林学士以儒家的为政传统教育和辅导诸幼年王子。王子们还进一步不准参与文、武政事；这个命令显然与《祖训录》中的规定大相径庭。这些加强了皇帝对藩王控制的新条令是意在取消半自治性质的封国的总战略的一部分。
削夺世袭封藩的政策的产生是由于担心几个有野心的皇叔可能要发难，特别是担心燕王朱棣。1370年以后，明太祖陆续分封了他年长的九个儿子（其中包括朱棣），把他们封在西北边境和长江中部，王位世袭；这些藩王都是用来作为抗击蒙古侵略和镇压叛乱的支柱。王子们都享有巨额年俸和广泛的特权；虽然他们在法律上对境内平民百姓不享有直接的行政权力，但他们每人都节制三支辅助部队，其人数在3000到15000之间。
为了确保他对分封诸王的控制，开国皇帝在他的《祖训录》中曾定下了一系列条令规章来管束诸藩王的行为；《祖训录》首次发布于1381年，后来又在1395年做了修改。其中有一条规定：在新皇帝登基以后的三年时间内藩王们不许来朝廷，只能留守藩封。可是，如果有“奸臣”在朝廷当道，诸王得准备他们的兵力，听候新皇帝召他们来“拨乱反正”，而在完成了他们的任务和驱逐了奸佞以后，他们仍应返回封地。
对于合法的继承原则定下了一条重要的规矩；它既适用于藩封王子的继承，也适用皇位的继承。其中主要的一条原则是继承人应该是长子，并为嫡妻所生。如果这一点已不可能，嫡妻所生的第二个儿子将成为合法继承人。为了使这些家法垂诸久远，明太祖对后嗣下了严厉的警告，禁止他们对他的训示有一丝一毫的改动；而且他告诫诸王，对任何违犯者，甚至皇帝本人，他们可以群起而攻之。这位开国皇帝的想法是很不现实的；制度上的调整总是不可避免的。新皇帝现在企图削夺诸王的权力，这就使他与他的叔父们——特别是燕王朱棣——发生了公开的冲突。然而可以理解的是，在这些藩王看来，他想削夺分封诸王一向享有的权利和特权的行动严重地违反了《祖训录》。人们向来认为削藩的政策是黄子澄和齐泰所出的主意，但是，它也可以说是出自皇帝的圣裁。黄子澄是这一政策最积极的拥护者，据说他使皇帝对采取这项政策的重要性获得了很深的印象，因为他向皇帝讲述了公元前154年汉代的七国之乱反对汉景帝（公元前157年—141年在位）的故事，而且也一般地提示了这些强大而又拥有半自治权力的藩封所特有的潜在危险性。他们曾经考虑了两种行动路线：一是彻底废除藩封诸王；一是减少他们的政治和军事大权。主要的目标是燕王；在这个时候，洪武帝的二子和三子均先已故去，只剩下燕王是现在健在的最年长而又权势最大的藩王，同时他也是皇家礼仪上的尊长。几经斟酌之后，朱允炆决定走完全废藩的道路。这样便激起燕王举兵反对皇帝，他表面上是要恢复王朝原来的制度，实际上却是要保持他自己的权力和影响。
经济
在财政方面，建文朝廷也制定了一些新措施，以减轻前朝某些过重的税收。其中最重要的是减少了江南的过度的土地税，尤其是减少了富庶的苏州和松江这两个府的土地重税。这些减税措施是继续了洪武朝即已开始的减免政策，但是它们大大超过了以前的办法。富庶而人口稠密的江南地区自王朝开国以来就被课以重税，从而使这里提供了主要的财源。原来的税款意在实行惩戒。1380年4月洪武帝曾下令减税20％，但是即令如此，这里的土地税仍然过于沉重。例如在1393年，仅苏州一地就得全年交纳281万石粮米，这就是帝国2940万石全部土地赋税的9.5％。这样是太不平等了：苏州仅占帝国登记在册的耕地的1/88。由于这样过重的苛索，当地人民往往不能交足规定的税额，特别在凶荒年代更是如此；他们抛荒了土地，变成了游民，从而更加加重了纳税居民的负担，同时也减少了每年的税收。
1400年初，朱允炆因有人申诉直隶地区（直接隶属于京师南京的地区为直隶，范围大致包括今天江苏安徽上海两省一市）和浙江等地区赋税不公而采取了行动。他下令按每亩地收一石粮的统一标准在这些府里收土地税。洪武帝曾经禁止苏州或松江人氏被任命为户部尚书，借此防范出身于这些富庶州府的人们把持财政，偏私家乡，从而牺牲了国库的利益，现在朱允炆也解除了这种禁令。很可疑的是，这些新措施是否得到了贯彻；到了1400年，建文朝廷已经深深地卷入了和燕王对阵的军事行动之中。
另外一项财政改革是限制佛、道二教寺观所能拥有的免税土地的数量。这项政策是特别针对佛、道僧侣们在江南富庶州府的情况而发的，因为在洪武帝的庇护下僧道们都攫夺了大量的肥田沃土，从而变成了有权有势的地主。他们的财富激起了人们的不满，因为宗教界的僧侣职事们不仅享有免除土地赋税和徭役的权利，甚至还把不法负担强加给当地居民，即占用他们的土地，强迫他们给自己服劳役。朝中的官员上了两份奏疏，请求限制佛教和道教的土地占有数量，朱允炆在1401年8月发出的一道诏旨中批准了他们的建议。这一新命令只准每一名僧道拥有不超过五亩免除赋税的土地；多余土地应分给需要土地的人民。这个政策又使得燕王找到了另一口实，说他的侄子如何违犯了《祖训录》；它进一步为他提供了对皇帝进行“惩戒行动”的理由。
这些命令未必都曾经付诸实施，因为建文朝廷此后不久就夭折了。但是，由于它们攻击了佛教和道教僧侣们的既得利益，这些政策无疑地疏远了宗教界，特别是得罪了佛教徒。因此，许多佛教僧人都为燕王叛军效劳是不足为奇的：他们的领袖是这位僭主的顾问，即和尚道衍，此人自1382年以来即已为燕王服务（他后来名姚广孝，1335年—1418年）。
据说，朱允炆逃离京城后，颠沛流离，千方百计逃避追杀，后隐居于湄江的观音崖（也有称是陕西城固观音崖）一带。诚心向佛，终了一生，著名的藏君洞也因此而得名。
朱允炆在当皇太孙时，太祖朱元璋曾出联“风吹马尾千条线“，要他和燕王朱棣以对。朱允炆对曰：“雨打羊毛一片膻。“朱棣则对曰：“日照龙鳞万点金。“朱棣之对太祖较为满意。从中也看出了朱允炆的懦弱、平庸和朱棣的雄心。太祖驾崩后，皇室想了一些方法来巩固朱允炆的皇位。但后来江山终究被朱棣所得。而上面的对联却成为二人命运的谶语。
话说朱允炆在湄江隐姓埋名，自称应文和尚，留下了许多对联诗话。其中对观音崖风光的描写联“峰如巢风彩，崖似卧龙文。“
在长期的流亡过程中，朱允炆一直以晋公子重耳的故事鞭策自己。希望有东山再起的一天。但后来他慢慢地发现，朱 棣管理国家的能力比自己实在要强得多，也就慢慢地打消了这个念头。有联为证：“有梦难圆，尘世着魔迷木性；无风易醒，洞泉悟道静凡心。“轻风吹拂着平静的心，沉醉于大自然之中，哪还管什么皇权富贵，都是过眼云烟。
多年以后，朱允炆触景伤情，咏联一副：“家从京畿而来，回首五岳峨眉，此等山川甲天下；帝似尧舜以后，伉怀秦皇汉武，如我王孙旷古今。“这既是对湄江美丽风光的衷心赞美，也是对自己一生坎坷命运的高度概括，更是对无奈现实的宣泄、壮志难酬的遗憾的真实写照。