阮大铖于万历四十四年（1616）中进士。天启初，由行人擢给事中，不久因居忧还里。阮大铖曾经列籍东林，为高攀龙弟子。同乡左光斗是东林在宪司的领袖人物，也是大铖倚以自重的朋友，他在打倒方从哲引入的非东林阁老史继偕等人的“斗争”中立下头功，因此名列东林骨干，在《东林点将录》中绰号“没遮拦”。天启四年春甲子，吏科都给事中出缺，左光斗通知大铖来京递补。而赵南星、高攀龙、杨涟等一伙人因为与左光斗发生内讧，因此“以察典近，大铖不可用”，而准备改用高的另一名弟子——同为东林闯将的魏大中。等到大铖至北京时，赵南星一伙人使之补工科。吏居第一，而工居最末。本来按资历递补应该轮到吏科的阮大铖。此时魏忠贤出现了，他让阮大铖遂得偿心愿。但是，阮大铖的官没能做多久，东林的可怕压力就让他上任未及一月便弃官逃回老家。从此大铖与东林决裂。
魏忠贤当权时，他被召至京城，为太常少卿。他深知自己是东林出身，又当上了反东林楷模，估计是两面难讨好，因此行事十分小心。一段时间后，他又归乡里，打算观望形势。
崇祯二年(1629)，魏党事败，他上书指出东林与阉党都“党附宦官”，应该一起罢去（大铖准备了两本不同的奏章，一起送至北京的朋友杨维垣处。其一专劾崔、魏之阉党。其二“以七年合算为言，谓天启四年以后，乱政者忠贤，而翼以呈秀，四年以前，乱政者王安，而翼以东林”。但杨维垣因为正和东林敌对，因此没有按照他的嘱托“见机行事”，上了第二本）。然后他上京任光禄卿。崇祯不听，结果他名列逆案被罢官，避居安庆、南京，招纳游侠，谈兵说剑，结成文社。中途他想与复社和东林讲和，因此在复社领袖张溥为其师周延儒复相而奔走活动时慷慨解囊相助，表示愿意重归东林。东林反对周报答他。因此崇祯一朝终未得仕。不过他举荐以自代的马士英由此登上高位。崇祯八年（1635），农民起义军进入安徽。大铖避居南京，广召勇士，当时复社中名士顾杲、杨廷枢、黄宗羲等憎恶其为人，作《留都防乱公揭》驱之，曰：“其恶愈甚，其焰愈张，歌儿舞女充溢后庭，广厦高轩照耀街衢，日与南北在案诸逆交通不绝，恐吓多端。”
崇祯十七年三月，李自成破北京，毅宗山陵崩。同年五月，福王在南京即帝位，马士英执政，阮大铖得其荐举，被起用为兵部右侍郎，不久晋为兵部尚书，编《蝗蝻录》，据《留都防乱公揭》对东林、复社诸人立意报复，大兴党狱。东林党人联合明军将领左良玉，发动“清君侧”。顺治三年( 1646 )六月，清军渡钱塘，阮大铖降清。清廷授其内院职衔，后随清兵入闽，在五通岭上突然头面肿胀，贝勒劝他留下养病，“大铖惊曰：‘我何病？我年虽六十，能骑生马，挽强弓，铁铮铮汉子也！我仇人多，此必东林、复社诸奸徒潜在此间，我愿诸公勿听！’已而又曰：‘福建巡抚已在我掌握中，诸公为此言得毋有异意耶？’”于是大铖带病随军南征，越仙霞岭，众将上马缓行登山，而“大铖独下马，徒步而前，左牵马，右指骑（者）曰：‘我精力百倍于后生！’盖示壮以信其无病也。言讫，鼓勇先登”，不久“马抛路口，身踞石坐”，僵仆石上死。时天气炎热，尸体溃烂，清军草草收殓，不知埋在何处。一说阮大铖闻马士英被杀，自投崖下死，被戮尸。
才华概述
纵观大铖一生的官宦生涯只有大约二年左右的时间约试 。然而大铖却是着实有文采，而且结交广泛，在放意归田的一段时间里，如史可法、文震孟、张岱、范景文等一批名士，皆曾是大铖游宴倡和的人。这在阮大铖的《和箫集》和《咏怀堂诗》之中，都收有大量唱和之作。令人印象深刻的作品，如大铖《咏怀堂诗外集》乙部中，有十四首作于天启甲子的还山诗，其中有：“星占处士山中卧，影弄婴儿世上名，但使榆关销战斗，何妨花坞有深耕”。又有：“拂袖行呤归去来，草堂猿鹤莫相猜，云霄自愧无修翮，雨露谁为弃不材”。虽然是描写归隐一类的诗歌，虽有怨气，但却不多，确是深得还山诗之三昧。诗不但写的漂亮，也并不脱离实际，倒是完全符合温柔敦厚的诗教。大铖不但在诗歌作上的确是文采斐然。而且于戏曲创作上，也显示出过人之处。如《燕子笺》、《春灯谜》等陈寅恪先生认为尤推佳作。不过他也沿袭明末规矩，利用戏剧来进行政治宣传。如大铖在戏曲《双金榜》中以戏中人，分别影射东林，东厂和自己。为自己进行无罪地辩解，再三表白自己的清白。大铖的另一本传奇《牟尼合》中。
文学作品
阮大铖品格本不足道，执政才能也很有限。但他颇有才华，尤善词曲。所作传奇戏花行云像 曲有《春灯谜》、《燕子笺》、《双金榜》、《牟尼合》、《忠孝环》、《桃花笑》、《井中盟》、《 狮子赚 》、《 赐恩环 》、《老门生》等10种 ，前4种今存 ，合称《石巢传奇四种》。诗文有《咏怀堂全集》。
明末戏剧家阮大铖，由于为人奸佞，品格低下，多为士林所摈斥。因此，三百多年来不但对他戏曲作品缺少系统的剖析与评价，就连他的籍贯也出现了“桐城不要，怀宁不收”的情况，至今未能确认，以致留下了一个历史性的悬案。
现有的各类辞书都一致沿用《明史》上的说法，把阮大铖定为安徽怀宁人，故清代有“阮怀宁”之称。（见《池北偶谈》）《明史》是清代桐城人张廷玉主持编辑的。他当时官至保和殿大学士、军机大臣、加太保，位高权重，任《明史》总裁，自然有很大的权威性。由他拍板定案的事，别人也不敢妄议。直到民国四年（一九一五年），怀宁县编修县志，上百名举子秀才经过多方考证，发现阮大铖并非怀宁籍，因而对《明史》上的这个论断表示极大的不满《怀宁县志·山川》，当记到县境内的名胜百子山时，加了一段语气颇重的注解：“旧志云明季阮大铖自号百子山樵，辱此山矣。大铖实桐城人，今礼部题名碑及府学前进士坊可考也。”公开把阮大铖这个“急权势，善矜伐，悻悻然小丈夫”（钱澄之语）推到桐城，这还是第一次。可惜礼部题名碑与府学前的进士坊均毁，怀宁的抗议之声虽高，但桐城县根本不买这笔帐。
其实，桐城的阮姓人家比怀宁多，集中在东南乡𠙶（音藕）山山麓。𠙶山脚下葬着宋朝解元阮晋卿，明季抗倭英雄、浙江兼福建巡抚副都御史阮鹗。这些人物都是赫赫有名的，死后皆得到皇封御葬，曾给古老的桐城县带来荣耀。至于明末兵部尚书阮大铖，是不是归属于这个豪门大族呢？历届《桐城县志》都没有记载，在𠙶山山麓也找不到他的半块残碑。
抗日战争时期，桐城有个叫房梦觉的人，闲居在浮山脚下，写了一本很不出名的小志——《浮渡名胜志》。志中介绍到浮山五云岩时，有这么一段记述：“关外有五云岩，岩在翠华之上。𠙶亦曰阮集之读书处，为明末邑人阮大铖读书所也。龙眠（桐城）昔多名臣、理学，以大铖附魏阉，故多讳之，常寄居皖城（安庆——引者注），故称大铖为怀宁人。”浮山之上，确有“阮集之读书处”，题刻至今尚存。此岩高八尺，纵十尺，横二十四尺。岩洞空阔，居高临下，可揽浮山之胜。若照这段记载，事情就清清楚楚的了。阮大铖不仅是桐城人，而且还是被龙眠的名臣理学家们，为邑隐恶而排挤出县籍的。至于其中包不包括《明史》总裁张廷玉，就不得而知了。
《浮渡名胜志》不属于官修，对这历史性的悬案难以为证。但作者是桐城人，所记之事不能不说是一条重要的线索。