为官处事
吕坤刚正不阿，为政清廉。万历二十五年（1597年）五月，上书陈天下安危，劝神宗励精图治，言词慷慨激昂，忧国爱民之情溢于言表。疏中云：“今天下之苍生贫困可知矣。自万历十（1582年）以来，无岁不灾，催科如故。臣久为外吏，见陛下赤子冻骨无兼衣，饥肠不再食，垣舍弗蔽，占藁未完；流移日众，弃地猥多；留者输去者之粮，生者承死者之役。君门万里，孰能仰诉?今国家之财用耗竭可知矣。数年以来，寿宫之费几百万，织造之费几百万，宁夏之变几百万，黄河之溃几百万，今大工、采木费，又各几百万矣。”吕坤在疏中言“采木”一事云：“以采木言之。丈八之围，非百年之物。深山穷苦，倘遇险阻，必成伤殒。蜀民语曰‘入山一千，出山五百’，哀可知也。”吕坤在疏中言采矿一事云：“朝廷得一金，郡县费千倍。”疏中还向朝廷发出“奸臣当道，举朝无犯颜逆耳之人，快在一时，忧贻他日”的警告。在边防上，吕坤亦高瞻远瞩，提出：“倘倭夷取而有之，籍众为兵，就地资食，进则断我漕运，退则窥我辽东。不及一年，京城坐困，此国家大忧也。”在疏中还提到“抄没法重，株连数多”的祸国殃民问题：“诬以多赃，则互连亲识。宅一封而鸡豚大半饿死，人一出则亲威不敢藏留。加以官吏法严，兵番搜苦，少年妇女，亦令解衣。臣曾见之，掩目酸鼻。”吕坤在疏中对万历皇帝严加指责：“陛下不视朝久，人心懈弛已极，奸邪窥伺已深，守卫官军不应故事。……章奏不答，先朝未有。”“臣观陛下……不知天下之财止有此数，君欲富 则天下贫，天下贫而君岂独富?今民生憔悴极矣，乃采办日增，诛求益广，敛万姓之怨于一言，结九重之仇于四海，臣窃痛之。……臣老且衰，恐不得复见太平……”
疏入，不报，又遭给事中戴士衡诬告，于是吕坤愤然称病乞休，结束了他26年的做官生涯。吕坤引退后，杜门谢客，授徒讲明心学，以继往开来为己任，学者称他为“沙随夫子”。“所著述，多出新意。”《呻吟语》成书于万历二十一年（1593年），是吕坤积30年心血写就的一部语录体著作。这部著作谈哲理，抨时弊，探求人生，思考宇宙，举凡人之修养、处世原则，人际交往，居家过口等等，真知灼见，时时闪现，警句妙语，不一而足。这部著作不失为中国传统思想文化宝库中的一枝奇葩。这里面凝聚着吕坤丰富的人生经验和探幽发微的哲思。如“无屋漏工夫，做不得宇宙事业。”“名心盛者必作伪。”“处世常过厚无害，惟为公持法则不可”等等，时至今日仍有现实意义。
逝后追赠
吕坤是一位方正质朴、学识渊博的哲学家。他的诗文，语言通俗而又巧发奇中；文风峻峭而不失浑厚。他曾潜心研究音韵学，所著《交泰韵》不拘泥前人而另辟蹊径，是一部颇有创见的音韵学专著。吕坤一生著作颇丰，除《呻吟语》外，还有《去伪斋文集》等。万历四十六年（1618年）六月八日（7月28日），吕坤病故，享年田岁，葬于宁陵西北吕坟村，其墓冢称之为吕坤墓，至今保存完好。
天启初，赠刑部尚书。